Църквата няколко пъти е била ограбвана

През 2008 г. храмът се сдобива с нов позлатен купол

На изток от центъра на Пловдив, се намира кв. Столипиново, който се оформява като селище през тридесетте години на ХХ-то столетие. Тук първоначално живеят цигани и турци, а после се заселват и живеят българи градинари и др., представляващи бедното население на големия град. Първоначално, квартал „Столипиново” попада в енорията на храма „Св. Неделя”. Към 1925-1926 г., в квартала започват да се заселват доста българи градинари от северна България и започват да усещат нуждата от собствен енорийски храм. На 03.01.1926 г. се свиква махаленско събрание, на което се обсъжда въпроса за изграждането на храм в квартала. На това събрание за пръв път се учредява комитет, който да движи делата и нужната документация. 

Инициативния комитет започва работа по събирането на средства, намирането на подходящо място и други за изграждането на православен храм в района. Инициативата за създаването на комитета се дължи на православните християни от квартала, без участието на енорийското свещенство при църквата „Св. Неделя” в Пловдив. 

На заседание, проведено на 13.02.1926 г., комитетът взема решение бъдещият храм да има за небесен покровител свети пророк Илия. След това се започва усилена работа по набирането на средства за строежа. 

Работата на комитета става достояние на Пловдивската света митрополия. Митрополията съдейства усърдно на Столипинчани да си имат свой храм и затова дава благословението си за законно оформяне на комитета. На първо време, назначава за председател на иницативния комитет протоперей Лазар Дюлгеров, енорийски свещеник при храма „Св. Неделя” в града под тепетата.

Благодарение на действията и постъпките на членовете на комитета, Градската община дава сегашното място на храма. Следва и създаването на архитектурен план, който се изготвя от архитект Славчо Грозев.

Взето е решение, строежът да се извърши на стопански начала. Повече от живущите в квартала са каруцари-кираджии и те със своите каруци извозват безплатно всички строителни материали като пясък, баластра, камъни, тухли и др.

Господин Ботушаров, местен учител, изготвя акта за построяването на храма. На 27.04.1930 г. Негово Високопреосвещенство Пловдивския митрополит Максим, полага основния камък на новостроящия се храм. На тържеството присъстват кмета на града, началника на военния гарнизон и други официални лица. 

На 13.12.1930 г. приключва строежа на храма. Комитетът се заема с обзавеждането и подреждането му, за да може възможно най-бързо да бъде пригоден за богослужение. Храмът е осветен на 7.06І.1931 г. от Драговитийски епископ Харитон, викарий на Пловдивския митрополит, а от 01.01.1932 г. кв. „Столипиново” се отделя като самостоятелна енория с енорийски храм „Св. пророк Илия”.

През последното десетилетие, храмът няколко пъти е ставал жертва на грабителски набези. Даренията в „Св. Пророк Илия“ няколко пъти биват открадвани от двама братя, живущи в непосредствена близост до църквата, но отнетото от храма се връща само два пъти в него.

През 2008 година, православният храм се сдоби и с нов купол. Съоръжението е позлатено и тежи 1 тон и 200 килограма, като бе монтирано на мястото на стария купол със специален кран. Той е с цвят на старо злато и е изработен по специална вакуумна технология. Любопитното за храма е, че от 70 години насам,  върху покрива на религиозната сградата гнездят семейство щъркели, които не пропускат нито една година и винаги се връщат в Столипиново. По време на подмяната на купола на „Св. Пророк Илия“, от храма нареждат изграждането на специален пилон, върху който да се постави гнездото на щъркелите, което е там и до днес.